Jedną z najistotniejszych cech systemu EQU ACC jest bezpieczeństwo przekazywanych danych. Transmisja między komputerami i urządzeniami jest szyfrowana zaawansowanymi algorytmami i następuje po autoidentyfikacji. Jako standard przyjęto podpis CMAC i zaawansowany algorytm szyfrowania AES128. Ponadto, dla każdego połączenia generowane są unikalne klucze szyfrujące, oparte o kody odpowiadające danej instalacji. Takie zabezpieczenie transmisji danych w systemie uniemożliwia ingerencję osób niepowołanych.Przy wykorzystaniu obsługi dynamicznie szyfrowanych kart zbliżeniowych system spełnia najwyższe standardy bezpieczeństwa (grade 3 i 4 wg norm PN-PE 60839-1:2014-01)
